Schon nach kurzer Zeit wurde Berthold Ottos "Hauslehrerschule" in seiner Wohnung an der Dürerstraße zu klein.

Das nach seinen Wünschen gebaute und 1911 bezogene Schulhaus an der Holbeinstraße war ein Pavillonbau. Neben ihm lagen der Rasenplatz, der Sportplatz, der Schulgarten, in dem jedes Kind sein Beet hatte, und das Wäldchen mit Bänken für Unterricht im Freien in der warmen Jahreszeit.

Zwei Räume konnten durch Öffnung einer Flügeltür zu einem großen Raum erweitert werden, in dem der Gesamtunterricht und andere größere Veranstaltungen durchgeführt wurden. Die Schule hatte 60-80 Kinder im Alter von 6-16, zeitweise bis zu 19 Jahren.

Die Schule war nicht in Klassen unterteilt, sondern der Unterricht fand in Kursen und als Gesamtunterricht statt.

Im Gesamtunterricht wurden Themen besprochen - Otto schloss grundsätzlich kein Thema aus, das von Schülern vorgetragen wurde -, die in den Lehrplänen der staatlichen Schulen nicht enthalten waren. So waren Berichte über Theaterbesuche häufig, was schließlich zu einem regen Theaterleben in der Schule führte. Gemeinsame Wanderungen - es war ja die Zeit der Jugendbewegungen - wurden geplant und durchgeführt, kurz: die Schulgemeinsamkeit wurde oft noch in der so genannten „Freizeit” fortgesetzt.

Im Gesamtunterricht ergaben sich bald Wünsche nach Vertiefung einzelner Themen und so entstand auch Fachunterricht. Der Gesamtunterricht blieb aber als letzte Stunde des Schultages bestehen: Hier traf sich die kleine Schulgemeinde, um alle berührenden Themen zu besprechen. Toleranz gegenüber anderen Meinungen und einzelnen Religionen waren hier selbstverständliches Gesetz.

Im Gesamtunterricht entstand auch der Wunsch eine eigene Verwaltung aufzubauen, eigene Gesetze zu erarbeiten, ja schließlich auch ein „Gericht”, das kleinere Verstöße gegen die selbstgemachte Schulordnung ahndete. So entstand ein kleiner Staat, der natürlich demokratisch war, wurde doch gewählt und konnte doch jeder kandidieren: Kanzler und Ordner, schließlich auch Richter und Protokollführer.

Berthold Otto selbst war vom Schülergericht gar nicht so sehr angetan:

„Es ergab sich ... ganz von selbst, daß der Gesamtunterricht auch die Einrichtung eines Schülergerichtes beschließen konnte. Auch alle einzelnen Gesetze, die für das Schülergericht bindend sind, sind im Gesamtunterricht von den Schülern beschlossen worden. So ist denn bei uns eine Gerichtsorganisation zustande gekommen, die die ganze Disziplin in der Schule in Selbstverwaltung genommen hat. Angeklagt werden allerlei Unbilden, die die Schüler einander gegenseitig zugefügt haben, dann aber auch Störungen des Schulbetriebs, des Unterrichts. Die Strafen, die das Gericht verhängt, sind – sehr gegen meine pädagogischen Prinzipien – zum Teil Strafarbeiten. Besonders gern läßt das Gericht Gedichte auswendig lernen oder Aufsätze anfertigen."

Verboten ist: das Stundenstören.
Das Pfeifen, das Lärmen, Schlittern im Haus.
Gehst du in den Lehrer- oder Chemieraum
Ohne Lehrer-Erlaubniß, so schmeißt man dich raus.
Geh’ nicht in die Schulkanzlei, Boden und Heizung.
Auch in die verkehrte Garderobe nicht rein.
Auch nicht in die Radkammer. Und laß das Spielen
An Rädern und Rollern et cetera sein.
Laß ganz das Schulhaus und die Zäune.
Und kletter durch die Fenster nicht
Genau so wenig auf die Bäume
Weil da sehr leicht mal was zerbricht.
Mach dich nach Schulschluß aus dem Staube
Doch in der Schulzeit bleibe da.
Das Schneeballwerfen auf der Straße,
das laß, um Gottes Willen, ja.
Spiel nicht um Geld und andre Sachen.
Verboten ist noch manches mehr.
Gewaltsam eine Tür zu machen.
Und Fußballspielen, aber sehr!
Unnötig in dem Abtritt bleiben.
Das Spritzen mit Wasser. Und nun gib wohl acht

Unter-, Mittel- und Oberkurs bauten aufeinander auf. Ein Versetzen bzw. Sitzenbleiben wie in der in Klassen gegliederten traditionellen Schule konnte es demnach nicht geben. Vielmehr besuchte der Schüler den ihm gemäßen Kurs und ging mit seinem Kurs in den nächsthöheren über, wenn die Voraussetzungen der Leistung dafür gegeben waren. Es gab auch keine Zeugnisse oder Klassenarbeiten mit Benotung. Für die Unterrichtsstunde war eine Dauer von 35 Minuten vorgesehen. Doch war nicht das Klingelzeichen maßgebend, sondern Ermüdung und abnehmendes Interesse am Unterricht.

Die Lehrer mussten streng nach dem Prinzip der Isolierung der Schwierigkeiten vorgehen und so sprechen, dass sie von den Schülern verstanden wurden (Altersmundart), nie aber länger bei einem Thema verharren als das Interesse der Schüler wach war.

Otto polemisierte gegen die strenge Verbindlichkeit des Lehrplans in den öffentlichen Schulen. Für ihn war das jeweilige Interesse der Schüler die Grundlage des Unterrichts. Praktisch war Ottos Schule natürlich nicht ausschließlich vom momentanen Interesse der Schüler bestimmt, dies erlaubten schon nicht die angestrebten Ziele und Abschlüsse entsprechend den anderen Schulen, aber sie war elastisch in Bezug auf die Kurse, die nach den Wünschen der Schüler bzw. der Eltern eingerichtet waren. Die Unterrichtsarbeit selbst hatte notwendig ihre Zielstrebigkeit, die aber immer wieder an das lebendige Interesse der Schüler anknüpfte und sich nicht starr nach der Lektionenfolge eines Plans bzw. Lehrbuches richtete. Die traditionelle Schule dagegen beschimpfte Otto als "Zwangsschule" und "Zuchthaus". Seine Schule sollte demgegenüber frei sein, und er sagte von ihr: "Die Schule war und ist, wie ich ohne Überhebung sagen kann, die freiheitlichste in der Welt."